Könyvek
Az Egyetemi Könyvtár 1800 utáni könyvállománya az ország legnagyobbjai közül való. Ez részben annak köszönhető, hogy a 18–19. században hosszú időn keresztül az Egyetemi Könyvtárnak kötelespéldányjoga volt, vagyis minden Magyarországon nyomtatott könyvből került ide példány. A gyűjtőkör 1949-es megváltozása értelemszerűen ezt az állományrészt érintette leginkább: korábban minden, az egyetemen oktatott tudományterületre kiterjedt, de 1949 után a könyvtár humántudományi szakkönyvtárrá alakult, fő gyűjtőkörei a filozófia, a vallástudomány és a történettudomány lettek. Az egyéb tudományterületek esetében a kutatómunkához szükséges tudományos műveket, kézikönyveket, szótárakat gyűjti, a magyar mellett számos idegen nyelven is.
Az Egyetemi Könyvtári Szolgálat megalakulását követően az egyetem könyvtárai között a tudományterületeket felosztó megállapodás született. Az ennek figyelembevételével kialakított gyűjtőköri szabályzat részletes tájékoztatást ad az Egyetemi Könyvtár gyűjtőköréről
A könyvtári állománynak az 1995-ig leltárba vett részét az alapkatalógus tárja fel legteljesebben, amely egy több mint 3.000, mostanra muzeális értékű könyvformátumú dobozban tárolt 1,5 millió cédulát tartalmazó katalógus. 2011-ben, a könyvtár alapításának 450. évfordulója alkalmából sor került ennek a cédulakatalógusnak a digitalizációjára és online hozzáférhetővé tételére az olvasók számára.
A könyvtárban 1989-ben kezdődött el az elektronikus katalógus építése, így az azóta állományba került könyvek kereshetők az online katalógusban, ugyanakkor a korábban állományba került dokumentumok egy része is megtalálható már itt. Kereséskor tehát célszerű minden esetben az online katalógussal kezdeni, de ha a kiadvány 1989 előtt jelent meg, és nem találjuk, akkor érdemes a digitalizált alapkatalógus céduláit is megnézni.
A digitalizált alapkatalógus egy betűrendes leíró katalógus, melyben a szerző neve, illetve szerkesztett kötetek esetében a mű címe, a sorozatok esetében szintén a címük alapján kereshetünk. Feltárja továbbá az egyes szerzőkre vonatkozó szakirodalmat is, de csak monográfiák esetében. Analitikus feltárást (cikkek, tanulmányok) nem tartalmaz, tematikus keresésre nem alkalmas.
E-könyvek
Az e-könyvek az Egyetemi Könyvtár legfiatalabb gyűjteményét alkotják, de számuk dinamikusan nő, 2020-ban már több mint 10.000 db-hoz férhettek hozzá olvasóink az online katalóguson keresztül. A Springer által kiadott e-könyvek több tudományterületet is lefednek, a Blackwell e-könyvei között viszont főleg a történelem- és a vallástudomány körébe tartozó kézikönyvek találhatók.